Nel 1711 una virulenta epidemia causò la morte di un terzo degli abitanti di Copenhaghen. Poiché i cimiteri della città non potevano soddisfare l'enorme bisogno di sepolcri furono progettati cinque nuovi cimiteri, come soluzione provvisoria.
Questi erano i cosiddetti assistancekirkegårde, cioè "i cimiteri di riserva". Ma erano molto piccoli e la loro capienza presto si esaurì. Questa emergenza condusse alla decisione di costruire un cimitero più grande fuori dai confini della città.
Nel 1757 le autorità comunali assegnarono un'area di 39.000 alen quadrati (un alen è 0.6277 m) destinandola a divenire il sito del nuovo cimitero fuori città. Questa è la zona oggi chiamata sezione A di Assistens Kirkegård, che fu consacrata il 6 novembre 1760.

Nei primi 25 anni, Assistens fu utilizzato come cimitero dei poveri. Persuadere i cittadini di Copenhaghen ad utilizzare un cimitero situato - secondo gli standard dell'epoca - così lontano dalla città si dimostrò difficile.
Con la finalità di rendere Assistens una scelta più attraente, le autorità introdussero un aumento cospicuo delle spese per la sepoltura entro i limiti della città. Per i poveri non ci fu scelta: furono sepolti in Assistens. Nel 1785, tuttavia, Assistens Kirkegård conquistò uno status più elevato. Assistens Kirkegård è il luogo dell'ultimo riposo di numerosi uomini e donne famosi, fra loro: Søren Kierkegaard, filosofo; Hans Christian Andersen, scrittore; Hinné, proprietario di un circo; Kuhlau, compositore; Martin Andersen Nexø, scrittore; H.C. Ørsted, fisico.